2020年，南京同仁医院在流程管理上，规范建设发热门诊，获批省级示范发热门诊单位；在工程硬件设施上，原急诊区域升级为急诊接诊诊疗区、抢救区、急诊重症病房，同时还在相关区域设置急诊输液留观室、急诊病房和创伤病房，总占地面积3000平方米以上，2020年11月正式启用，为患者提供了更舒适的就诊环境和医疗服务，也为急诊患者的救治提供更畅顺的绿色通道；同时建成P2+实验室并通过备案，具备了独立开展核酸检测资质，承担周边区域居民和企业需求；预防接种门诊建成并投入使用，承接新冠疫苗接种。在突发公共卫生事件应急救援上，彰显作为三级综合医院的社会责任担当，获得市、区主管部门的高度认可。 

       陈星莺副省长对南京同仁医院在流程优化改造、医疗安全管理、现场接种秩序维护等方面予以良好评价，也提出了更高的要求：医院要提升政治站位，切实做到思想不放松，措施不松劲，以高度的责任感和使命感做好疫情防控常态化管理，严防院内交叉感染，保障患者就医安全。杨庆松院长表示，南京同仁医院将始终保持警惕、严密防范，一方面从工程设计改造上优化流程，一方面从强化内部管理着手，把疫情防控网扎得更密更牢，堵住可能导致疫情反弹的漏洞，确保医院安全。